В конце XIV в. болонец Антонио Феррари пожертвовал ордену госпитальеров (впоследствии — Мальтийский орден) принадлежавший ему дом, на стене которого
был написан образ святого Иоанна Крестителя, считавшийся чудотворным. Для защиты образа он был обнесен оградой. Иоанн Креститель считался небесным покровителем
госпитальеров, поэтому вполне естественно, что приор ордена Муцио (или Мусио) Беккария добился от настоятеля расположенного неподалеку монастыря Святого Александра
позволения построить вокруг образа ораторий. В декабре 1392 г. пармский епископ Джованни Рускони выдал соответствующее разрешение.
Новый ораторий получил название San Giovanni della Steccato, т. е. «Святой Иоанн за оградой».
На рубеже XV и XVI веков Мальтийский орден передал его благотворительному обществу Compagnia di Santa Maria Annunciata, задачей которого было содействие
бракам неимущих девиц, и со стены соседнего здания, служившего резиденцией общества, в ораторий был перенесен образ Девы Марии на троне, кормящей младенца Иисуса («Млекопитательницы»).
Со временем этот образ был перемещен в главный алтарь, а сменившая ораторий церковь получила название Санта Мария делла Стекката.
Строительство новой церкви началось в марте 1521 г., в период активной перестройки города. Работами руководил Бернардино Дзакканьи, ранее работавший
над церковью Святого Иоанна Богослова. Однако специалисты предполагают, что идеи, реализованные Дзакканьи в его проекте, принадлежат Донато Браманте, или даже Леонардо
да Винчи, ссылаясь на многочисленные наброски — прежде всего, в «Атлантическом кодексе» —
здания церкви в форме греческого креста, вписанного в квадрат. Известно, что Джулиано ди Пьеро Медичи, дядя губернатора Пармы Джулиано II Медичи, был дружен с Леонардо. Поэтому
вполне вероятно, что Джулиано Медичи заказал ему общий план новой церкви.
На пятом году строительства из-за ряда возникших проблем Дзакканьи был отправлен в отставку, и руководство работами было поручено Джану Фрнческо Феррари д'Аграте, также работавшему
над церковью Святого Иоанна. Позже к нему присоединился Антонио да Сангалло Младший, впоследствии один из череды главных архитекторов собора Святого Петра в Риме.
Строительство церкви завершилось в 1539 г.