Строительство костела Святого Иоанна (полное название — костел Святого Иоанна Крестителя и Святого Ионна Апостола) было начато около
1370 г. Первоначально костел был частью прихода костела Святой Екатерины, а в 1456 г. он получил
чин приходского храма в северной части Главного города. В начале XV в. строительство было практически закончено, но из-за запретов
тевтонских рыцарей оставалась недостроенной башня. Ее строительство было завершено только в 1465 г. по окончанию Тринадцатилетней войны.
Тогда же были закончены своды церкви.
Вскоре после завершения постройки выяснилось, что фундамент был заложен неправильно, и с XVI в. до начала Второй мировой войны было
проведено множество работ по укреплению стен и сводов. Костел серьезно пострадал при освобождении Гданьска от фашистов в 1945 г.
После окончания войны костел перешел в собственность государства. Он использовался как лапидарий, также в нем снимались кинофильмы военной
тематики. При этом шло неспешное его восстановление, которое, однако, сопровождалось новыми авариями. В 1991 г. костел был передан
Гданьской архиепископии, которая, в сотрудничестве с Балтийским центром культуры, в 1995 г. начала активные реставрационные работы.
В 1943 – 1944 гг. большинство движимых элементов внутреннего убранства костела было вывезено в окрестности Гданьска, что спасло
их от уничтожения. Часть их них позднее находилась в Мариацкой базилике, и сейчас возвращена в костел.
Сегодня костел служит выставочным и концертным залом. В нем также проводятся мессы, которые посещают, в основном, представители
творческих кругов Гданьска.