Первая церковь, посвященная святому Петру, была построена на этом месте в 1140 г. В 1584 г. монахи-бенедиктинцы поручили болонскому архитектору
Джулио Делла Торре строительство новой церкви. Первоначально строительство шло достаточно быстро, уже в 1588 г. в ней проводились богослужения.
В начале XVII в. работы замедлились из-за строительства верфи на реке Гьяра, требовавшего большого количества материалов и рабочей силы.
В основном церковь была закончена во втором десятилетии XVII в., а купол — десятью годами позже.
Интересно, что булла папы Льва Х, которой было одобрено строительство, предписывала повторно использовать материалы, из которых была построена предыдущая церковь