Согласно письменным источникам, Неа Пафос был основан в IV в. до н. э. Во II в. до н. э. город стал столицей Кипра,
в то время входившего в состав государства Птолемеев (эллинистического Египта). Город оставался столицей и в римский период, вплоть до
IV в. н. э., когда он был разрушен землетрясением. После вторжения арабов в VII в. город начал приходить в упадок, но
частично восстановил свое значение в византийский период и в Средние века. Лишь после 1489 г., когда Кипр стал колонией Венеции,
жители города ушли с побережья, и он был заброшен.
Систематические раскопки на территории Неа Пафоса начались в 1962 г. Были найдены агора, театр и ряд домов, которые датируются II в.
н. э., а также базилика второй половины IV в. н. э. и крепость, построенная в VII в. для защиты города от арабов.
Одной из самых значительных находок является т. н. Дом Диониса — богатая вилла греко-романского типа, в которой насчитывалось более 40 комнат,
расположенных вокруг центрального двора-перистиля. Предположительно вилла была построена в конце II в. н. э. Ее общая площадь составляет 2000 м²,
556 из которых покрыты мозаиками