Национальный музей-усадьба Н. И. Пирогова был открыт в 1947 г. в усадьбе «Вишня» в селе Шереметка (в 1972 г. село,
называвшееся тогда Пирогово, вошло в городскую черту Винницы). Пирогов приобрел эту усадьбу в 1859 г. у наследников доктора медицины
А. А. Гриколевского, построил в ней полутораэтажный кирпичный дом и аптеку и привел в порядок парк.
Еще задолго до смерти Пирогов выразил желание быть похороненным в своей усадьбе. Сразу же после его смерти в 1881 г. родственники направили в
Санкт-Петербург соответствующее прошение. В полученном ответе говорилось, что пожелание может быть удовлетворено, но наследники должны были дать
подписку о том, что тело будет перезахоронено в случае смены хозяев усадьбы. Члены семьи Пирогова не согласились с этим, и его вдова
Александра Антоновна за 200 рублей серебром приобрела участок на кладбище в Шереметке, на котором в течение короткого времени была построена
усыпальница. В 1882 г. в нее был перенесен гроб с забальзамированным телом. Бальзамирование произвел хирург и
бальзамировщик Давид Ильич Выводцев, который использовал при этом собственную методику.
До 1917 г. усадьбой владели родственники Пирогова, но уже в 1914 г. публицист Александр Саввич Панкратов писал: «
Вездѣ пусто, холодно, ни признака мебели, никакихъ слѣдовъ жилья. Такія стѣны ни о чемъ не говорятъ, или вѣрнѣе,
говорятъ об уныніи…». В 1920 г. полуразрушенную усадьбу предоставили группе американских рабочих, объединенных в коммуну
имени Джона Рида. Позже в ней находилась опытная сельскохозяйственная станция, а с 1936 г. — Винницкая областная инфекционная больница.
В 1944 г. по предложению начальника Главного военно-санитарного управления генерал-полковника медицинской службы Ю. И. Смирнова началось
восстановление усадьбы и создание музея.
Экспозиция музея состоит, в основном, из архивных документов, трудов и личных вещей Пирогова, картин, фотографий и т. п. Интерьеры и предметы мебели
не сохранились; последние были распроданы еще в 1902 г., после смерти Александры Пироговой