В 1960-е годы количество и значимость находок, сделанных во время первого этапа систематических археологических раскопок в районе Пеллы
(1957 – 1963 гг.), потребовали специального здания для их хранения и демонстрации. Однако решение о строительстве музея
откладывалось в течение долгого времени. До 1973 г. они просто складировались в небольшом здании на месте раскопок, а с 1973 по
2009 гг. экспонировались в здании площадью 400 м2, построенном для использования в качестве туристического
павильона.
Проект музея создавался между 1996 и 2000 гг., а в апреле 2006 г. началось его строительство. Новый музей площадью
6 000 м2 был построен к 2009 г. и официально открыт в сентябре 2010 г.
Экспозиция музея состоит из пяти разделов, первый из которых рассказывает о повседневной жизни жителей Пеллы.